明清时期，气功的发展达到了一个新的高潮。其特点是气功更广泛地为医家所掌握、所应用，大量养生著作编集出版，气功养生方法纷纷总结推出，武术气功也有了新的发展。

明清时期医家对气功的理论和临床应用有不少精辟的见解。杰出的医药学家李时珍不仅倡导气功锻炼，而且结合自己的练功体会研究论述了气功与经络的关系等问题，其内容可见于《奇经八脉考》，也散见于《本草纲目》中。另一代表人物李梃所著的《医学入门》将气功功法分为动功、静功两大类，强调练功要动静结合，提出临床辨证施功的思想。

这一时期也出现了大量以气功功法为主要内容的专著。明初冷谦的《修龄要旨》收集了延年六字诀、长生一十六字诀、十六段锦、八段锦、导引却病歌诀等多种功法。公元1506年成书的《保生心鉴》一书，主要内容有二十四气导引图，为每一节气介绍了相应的锻炼功法。特别是这一时期整理的《赤凤髓》，刊印了“华山睡功十二图”“古仙导引图”等，书中图文并茂，形象直观，很有历史价值。

武术与气功的结合在明清时期也有很大的发展，易筋经和太极拳的出现标志着武术技击与内功修炼的结合已进入成熟阶段。从前气功导引术主要用于治病保健，并不强调内壮外勇，而易筋经以“气盈力健，骨劲膜坚”为目的，注意了强身壮力的因素，从而成为武术习练的基本功法。